A Kálvin Kutatóintézet elsődleges feladatának tekinti Kálvin teológiai örökségének feltárását, teológiai gondolkodásunkban való alkalmazását. A cél elérése érdekében több tanszék is közreműködött az alapításban: az Újszövetségi, a Rendszeres teológiai és az Egyháztörténeti tanszék. A kutatóintézet fő célkitűzései közé tartoznak: Kálvin újszövetségi kommentárjai magyar nyelvű fordításainak előkészítése; a Kálvinra vonatkozó magyar és nemzetközi szakirodalom tudatos gyűjtése és gondozása; a kálvini teológia kutatása és alkalmazásának problémái a XXI. században. Az intézet munkájában részt vevő kutatók az oktatásban is hasznosítják ismereteiket, bevezetve a hallgatókat a kutatás módszertanának elméleti és gyakorlati kérdéseibe.